巨人之间的内战结束之后，人类又被齐杰拉花朵的花粉所迷惑最后走向了灭亡。光之巨人无法干涉人类的选择，所以迪迦和另外两个巨人将自己的身体隐藏在巨大的金字塔中，还原成光的形态一起离开了地球，回到了自己的故乡。最终邪神加坦杰厄带着毁灭的黑暗降临，将人类的超古代文明彻底毁灭。

三千万年后，基于地球超古代时期地球警备队队长幽怜的预计，陨石包裹着的时光机坠落地球。预言中怪兽出现并企图毁掉巨人的石像以阻止其复活，不过拥有超古代人类基因的圆大古正是现今GUTS的队员，并参与了这次阻止怪兽的行动。

大古驾驶GUTS战机竭力阻止，而在坠机时恰好时机已到，大古化成光进入迪迦石像中。千钧一发之际，大古令迪迦奥特曼的石像成功复活，之后击退了哥尔赞，打败了美尔巴。

随后迪迦奥特曼一直以圆大古的身份在地球上活跃，直到正木敬吾变身成邪恶迪迦后，大古才在居间惠队长面前暗示了自己的身份，但队长此后并未将秘密散播出去。在佐加登场前，丽娜得知了大古的身份。

邪神加坦杰厄来袭时，迪迦奥特曼被加坦杰厄的光线击中变成石像，丽娜大喊一句:“大古”，这时众人才知道了大古就是迪迦奥特曼。最后迪迦奥特曼因得到人类希望的力量变身成为闪耀迪迦，以压倒性的实力彻底击败加坦杰厄。此战过后，大古失去了变身成迪迦奥特曼的能力。

最终圣战

两年后，TPC内部有关是否要扩充军备以保护地球而导致的矛盾进一步加大。TPC里的主战派实施了“F计划”，即探索露露耶遗迹而得到能够代替迪迦的防御力量，却因此令三个黑暗巨人达拉姆、希特拉、卡蜜拉的封印解除。

地球超古代时期的地球警备队队长幽怜借助后代居间惠队长之身布下了一个能维持100年的结界封锁了遗迹。得知了露露耶遗迹与黑暗迪迦的真相，大古经历了多番转折和心态挣扎，决心利用卡蜜拉给予的黑暗力量变成黑暗迪迦保护地球。

迪迦先以黑暗形态与达拉姆战斗，夺取力量进化成为龙卷形态，以迪拉修姆光流击败达拉姆，后以龙卷形态与希特拉战斗，夺取敏捷进化成为爆裂形态，以兰帕尔特光弹击败希特拉，最后以爆裂形态与卡蜜拉战斗，夺取黑暗力量进化成为复合形态。

卡蜜拉吸收了加坦杰厄的怨念以及露露耶遗迹的黑暗变身成为暗黑魔超兽迪莫杰厄，击败了复合形态的迪迦。但是之后迪迦吸收了露露耶遗迹巨人的光明而复活，再次变身成为闪耀迪迦，彻底击败了迪莫杰厄。露露耶遗迹也再一次沉入了太平洋海底，迪迦也正式功成身退。

星光战士

超级胜利队忙着疏散市区的群众，飞鸟看见一个小朋友拿着一个迪迦奥特曼的玩具。小朋友坚信，奥特曼一定会战胜怪兽。第二天，飞鸟迷茫了，喜比队长开导了一下他，准备开始去战斗。

飞鸟来到原TPC远东总部基地，找到了现任TPC参谋，当时任胜利队队长的居间惠。他想见一见迪迦，但却获知迪迦已经不存在了。

居间惠说：“如果迪迦奥特曼在，他一定不会说自己是无敌的奥特曼，他也依靠着人类的力量在战斗。”

……

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