察哈尔部是蒙古大汗的直属部落，其各鄂托克的领主历来由黄金家族达延汗的长子图鲁博罗特和六子斡齐尔博罗特的子孙承袭。

察哈尔部是女真兴起前，漠南蒙古最强大的势力，拥有8大营、24部，其势力东起辽西，西至洮河，兵马强盛，威震漠南，成为挟持和威胁各部的宗主。诸部不堪其苦，漠南蒙古各部的封建主与察哈尔部长期存在着较深的矛盾。

万历年间，努尔哈赤建元称汗。成吉思汗嫡系第15世孙达延汗的7世孙林丹汗登位称汗，明人谐其音称为虎墩兔汗。

林丹汗作为蒙古帝国第35任大汗，自称蒙古大汗。蒙古各部虽名义上尊其为大汗，实际上却各自为政。林丹汗实际只统辖察哈尔部，称之为察哈尔汗。

努尔哈赤崛起后，在女真和大明王朝的斗争中，蒙古各部具有举足轻重的地位。双方均对蒙古各部实行笼络政策，以图利用蒙古各部的力量抵御或推翻对方。女真极力笼络科尔沁等漠南蒙古部落，大明王朝则拉拢地处漠南中心的察哈尔部 。

女真则利用漠南蒙古的矛盾，通过威胁利诱和联姻、联盟政策，积极拉拢蒙古各部，并利用他们的军事力量，采取扶此抑彼各个击破的策略，征服与之相抗衡或不愿归附于他的蒙古部落。

因林丹汗的无能和大明王朝的腐败，林丹汗不仅未能笼络，反而多次入边掳掠，大明王朝安抚笼络蒙古部落的手段完全失败。而女真在与大明王朝争夺蒙古诸部势力的斗争中，优势却越来越明显 。

努尔哈赤去世，皇太极即位后，继续实行对蒙古各部威胁利诱和分化瓦解及拉拢的基本国策，削弱蒙古各部，使各部皆听命于女真，大大增强了实力。

随着女真的崛起，林丹汗感到女真的威胁。1628年，察哈尔部从其游牧地西拉木伦河西迁到宣府、大同边外。

察哈尔部西迁，激化了内部的矛盾，逼迫一些部落投向女真，既削弱了大明抗御女真的力量，又加速察哈尔部的败亡。林丹汗众叛亲离，四面楚歌。为皇太极统一察哈尔部，提供了难得的历史机遇。

漠南蒙古各部为保护自己，纷纷和女真建立联系，并逐渐归附女真。皇太极联合蒙古诸部军事力量征讨察哈尔部，多次打败了林丹汗。

林丹汗在女真和蒙古各部联军的打击下，狼狈逃窜青海，逃难过程中部众大量流失。1633年，察哈尔部两翼大总管塔什海、虎鲁克寨桑归附女真。1634年，候痕巴图鲁、巴达西寨桑、额林臣戴青、土巴济农、巴噶达尔汉等归附女真。

1634年8月，林丹汗因天花死于青海大草滩。1635年，林丹汗之子额尔孔果洛额哲与母亲苏泰太后献传国玉玺，率部投降女真，蒙古帝国灭亡。

皇太极封额哲为察哈尔亲王，将次女固伦温庄长公主马喀塔嫁给他。察哈尔部被皇太极兼并。其属土默特和鄂尔多斯诸部，尽皆归附，皇太极统一漠南蒙古。

土默特部为达延汗右翼三万户之一，达延汗之孙俺答汗占据12土默特大部后，逐渐强大起来。

隆庆年间，俺答汗与明朝达成隆庆和议。农耕文明与游牧部落达成和解，开通互市，建立了密切的经济、政治关系，确保了双方边境地区的长期和平。

万历10年俺答汗逝世后，俺答汗之妻三娘子按照蒙古旧俗，先后嫁给俺答汗长子黄台吉、长孙扯力克、扯力克长孙卜石兔四任土默特部首领，尽力维持蒙汉和睦相处，不用兵戈长达二十年 ，为蒙汉两族的民族团结作出了巨大贡献。

万历35年，卜石兔与素囊台吉争夺土默特及顺义王承袭权，土默特部逐渐分裂为东、西土默特。在蓟州边外的部众称东土默特，留在归化城的称西土默特。

俺答汗时期西征瓦剌，进兵青海，命其子丙兔留驻青海，控制着青海大部分地区。崇祯5年，漠北蒙古赛音诺颜汗部首领图蒙肯又称却图汗，率部入青海，征服青海的土默特分部。

崇祯初年，卜石兔被察哈尔部林丹汗攻击卒于河套，顺义王位告寝。东土默特部的鄂木布楚琥尔、善巴因惧怕林丹汗，率先归附女真。西土默特部俄木布和耿格尔被皇太极征讨战败后，归附女真。

阿鲁科尔沁、四子部落、乌喇特、茂明安、翁牛特、伊苏特、喀喇车里克、阿巴噶、阿巴哈纳尔统称为阿鲁部。